位在府城神農街的藥王廟，是府城七寺八廟的其中一廟，目前廟內主祀：藥王大帝，根據廟方登錄的資料，藥王大帝即為神農氏。

神農大帝生於姜水，以姜為姓，傳統典籍稱之為「炎帝」，主要以「農神」、「穀神」、「藥神」三種神性的特質來祭祀，尊稱為「神農大帝」、「藥王大帝」。

—-究竟是「藥皇大帝」還是「藥王大帝」—-
但對於府城藥王廟的記載尚有不同於現行廟方的說法，根據神佛壇過去對於藥皇大帝的信仰紀錄，與文史工作者過去的調查，現在的藥王廟在民國35~70年間為「盤古藥皇廟」，從廟名來看，主祀的應為「藥皇大帝」。
而根據神佛壇過去的歷史記載，其實「藥皇大帝」與「藥王大帝」是不同的神祇，藥皇大帝有三位，分別為：藥皇大帝 藥師佛、藥皇二帝 伏羲氏、藥皇三帝 神農氏；藥王大帝則有多位，扁鵲、華陀、韋慈藏、孫思貌、保生大帝都可稱為藥王大帝。
而神佛壇對於藥皇大帝與藥王大帝為不同之神祇，是有其歷史緣故而對於藥皇大帝與藥王大帝為不同神祇有所區分。

 
—-藥皇大帝外出開館濟世：神佛壇的誕生—-
民國58年，市長林錫山下令闢路拆廟，僅剩前殿，使廟址呈現為現在樣貌，較以前縮小許多。
拆廟當時剛好廟裡管理人員分為兩派，也正逢藥皇大帝神尊要直接出外開館行醫，就選在當時位於藥皇廟後方的神佛壇前身開始濟事。
神佛壇設館名之初是位在媽祖樓天后宮後方的成功路上，直到民國71年，奉藥皇大帝之命要搬回藥皇廟境內，因而搬回神佛壇現址旁的雜貨店，後來再遷於現址。
71年神佛壇的新館址落成時，有舉行王醮恭送藥皇大帝，因為當時藥皇廟主爐時常發爐，但是藥皇廟人員都不以理會，藥皇大帝因而改往只是神佛壇辦理王醮。
藥王廟的藥皇大帝的法像早期雕刻時是有獠牙的法相，但因為廟內燈光昏暗，所以常常嚇到信眾，之後就重新雕刻，而將早期有獠牙之藥皇大帝化掉。
起初藥皇大帝外出設館濟世時，是連同金身一起外出，後來藥皇廟廟方得知此事後，就將當初外出的藥皇大帝金身要回，神佛壇再雕刻一尊藥皇大帝，而造型與藥皇廟（此金身在海安宮送天師時有出轎）之造型相似，也因為這樣造就一個藥皇大帝的靈，有兩個金身的情形，藥皇大帝就在兩個金身間來回。

 
—-藥皇廟為何會變成藥王廟—-
至於藥皇廟為何會發展至今變成藥王廟，有兩種說法：
一、因為藥皇廟的古蹟全毀，所以政府就將藥皇廟更名為藥王廟。
二、早期的先民對於文字的認識不深，加上王與皇的台語發音相似，因而在辦理登記時就變成藥王廟。
據考證現在的藥王廟，在早期確實為藥皇廟，而會稱為藥皇廟也絕對與主祀的神明有關，加上神佛壇的發展歷史，藥皇大帝與藥王大帝之間的神格上差異也確實存在。

神佛壇的藥皇大帝從當初的盤古藥皇廟出來設館濟世後，就一直在神佛壇濟世救人，而早期的神佛壇就藥皇廟後殿開始。

—神佛壇張李莫千歲—

很早之前，藥皇三大帝降駕要神佛壇的弟子前往台西取桃枝，而因緣分就與安西府互取香火，安西府雕刻藥皇三大帝（神農氏）之金身，而神佛壇當時取了張李莫三千歲的香火，但只有雕刻一尊張府千歲。

民國60年初6月9日，安西府莫府千歲正駕巡視子館時，來到台南發現並無朝拜三千歲，但當時知道神佛壇有三千歲之香火，但只有張府千歲的金身，因而就到神佛壇作客過聖誕。

當時神佛壇無小法，而是請交陪境五聖堂黑頭小法來祝壽，但是當時並無莫府千歲的咒，於是就拿范府千歲的咒來念。結果6月13日神佛壇公事日時，就降駕生氣的說那是范府千歲的咒，不是莫王的咒為何亂念，但當時壇上人員不以理會。

之後莫王就指示要留在台南發揮，讓府城知道有張李莫三王爺，並指示要雕刻張李莫三王爺的金身，但是壇上人員都不理會，直到莫王陸續降駕說出壇中人員的私事，並無形中幫忙化解後，壇中人員才答應要幫三位王爺雕刻金身，而所有雕刻金身的錢莫王也都沒有讓壇中人員花到半毛錢。

不到一年，莫王爺又降駕說要雕奉鎮殿莫王，而左手由握拳改為三指，表示張李莫三千歲一起來台；再不到一年，又說要雕奉莫府二王爺金身，要坐大駕用。而這兩尊金身的雕刻，在莫王爺的神威顯赫下，壇中人員也都沒有花到錢。

爾後，莫府在神佛壇神威顯赫，神佛壇藥皇大帝就封張李莫千歲與雷白千歲合併為神佛壇的五府千歲，一起跟隨藥皇大帝行醫救世。

—神佛壇未再前往安西府會香之原因—

早期因為安西府要修建廟宇，需要政府的補助款協助，不過當時政府的法令規定王爺如果是不同朝代就不予補助，因此，安西府為了申請政府補助，就將莫王爺的名字從「莫邪」改為「莫英」。

民國80年時，莫王爺降駕只是要回去安西府問清楚，為何要改歷史，於是就出動大駕回去安西府，也成為神佛壇最後一次回去安西府會香。

—莫王親邀辛走若法師—

早期神佛壇莫王指示要成立紅頭小法團，並希望壇中人員前往請辛走若法師前來傳授，但是不管壇中人員怎樣拜託辛法師，辛法師就是不願再傳承。

因為辛走若無意願，弟子向莫王稟報，莫王爺就在夢中托夢辛法師，要辛法師前來神佛壇授法，之後才有辛走若法師所傳授的神佛協成壇。